Das Wappen der Frankonia besteht aus einem klassisch geviertem Schild. In der rechten oberen Vierung befindet sich ein goldenes (gelbes) Kreuz auf weißem Grund, stellvertretend für das Prinzip „Religio“.
Die linke obere Vierung zeigt eine Eule auf zwei gekreuzten Fakeln vor gelbem (goldenem) Grund. Die Eule symbolisiert hier die Pallas Athene, die brennenden Fackeln stehen für die christliche Kardinalstugend der Weisheit. Gemeinsam ist diese Vierung also als Sinnbild für das Prinzip „Scientia“ zu verstehen.
Die rechte untere Vierung zeigt einen Kranz aus Weinlaub und einen Weinpokal auf rotem Grund. Der Kranz ist dabei als veränderter Ouroboros zu verstehen, einem in sich geschlossenem, ewig währendem Tier, das sich selbst genügt. Der Pokal steht hierbei als zeremonielles Gefäß für die gemeinsam begangene Geselligkeit, so zu sagen für einen Weinpokal, aus dem alle gemeinsam trinken. Gleichzeitig symbolisiert das Weinlaub allgemeine Geselligkeit und steht kontrapunktisch zum häufig benutzten Eichenlaub, das im Kontext akademischer Korporationen eine deutschnationale Konnotation besitzt. Zusammen steht diese Vierung also für das Prinzip „Amicitia“, das gleichfalls durch den Ouroboros-Kranz als Lebensbundprinzip zu verstehen ist.
Die linke untere Vierung zeigt das Wappen der Alsatia Straßburg, der Verbindung, als welche die Frankonia ursprünglich gegründet wurde. Dieses Wappen ist wiederum geviert. Auch hier befindet sich in der rechten oberen Vierung das Kreuz als Symbol des Christentums, diesmal vor rotem Grund. In der linken oberen Vierung ist das Liebfrauenmünster zu sehen, Wahrzeichen der Stadt Straßburg. Die linke untere Vierung zeigt auf gelbem (goldenem) Grund nicht etwa den Preußischen oder gar den Reichsadler des Deutschen Reichs. Sie zeigt den Wappenadler des Reichslands Elsaß-Lothringen, zu dem Straßburg ab 1871 gehörte.
Die rechte untere Vierung zeigt den Zirkel der damaligen Alsatia. Im Herzschild des Alsaten-Wappens schließlich, befinden sich die Farben der Alsatia (die auch als Frankonia weitergeführt wurden): Rot-Weiß-Gold und in der Mitte der weißen Farbe das Stiftungsdatum des Bundes, der 26. Juni 1875.
Das eigentliche Frankonenwappen verfügt ebenfalls über ein Herzschild, in dem sich wieder die Farben, sowie der Zirkel der Frankonia befinden.
Über einen festgelegten Helm, Helmkleinodien oder eine gemeine Figur verfügt das Wappen der Frankonia nicht, diese folgen zumeist den üblichen Bräuchen der studentischen Heraldik.